开元卫生健康综合监督执法局成立于2003年10月，为开元卫生防疫站改革后组建，原名开元卫生局卫生监督所，自成立以来，单位历经食品卫生监督职能划转、职业卫生监管职能划入、参照管理单位规范化设置等机构改革工作后，于2022年7月更名为开元卫生健康综合监督执法局，单位内设有办公室、稽查室、许可管理科、医疗机构监督科、公共卫生监督科。单位核定管理人员编制9名。